Rathke裂囊腫和垂體瘤是完全不同的兩類疾病，但均屬於良性疾病，影像學檢查可明確鑑別：

1、垂體瘤是起源於腺垂體的一種神經分泌性腫瘤，一般在鞍內生長，可同時向鞍底擴展或向鞍上生長。生長到較大時壓迫視神經，甚至突入腦室內，為實質性腫瘤，磁共振上往往增強較明顯，在顱內腫瘤中比例相當高；

2、Rathke裂囊腫是人神經系統在早期發育閉合中Rathke裂殘存的細胞遺留下形成的囊腫，屬於良性疾病，可以起源於Rathke裂的任何部位，可以發生在鞍內、鞍上或垂體柄，為球形囊性病變。Rathke裂囊腫內容物往往是較為黏稠的黏液樣物質。