隨神經外科技術的發展，目前垂體瘤手術風險已經得到較好控制，與其它神經外科手術風險相差較小。但垂體瘤早期風險較大，因為垂體瘤可能引起患者激素紊亂，觀察期比一般患者有所延長。

多數患者手術後3天病情基本穩定，但針對較小垂體瘤手術者，通常在5-7天甚至更長時間可能出現激素水平紊亂及波動。但神經外科中心治療經驗較為豐富，存在相應處理辦法可將風險降至最低。垂體瘤主要影響患者內環境，但只要患者進行正規治療則通常風險較低，無需過於擔心。