亞急性甲狀腺炎病因尚未完全明確，多數臨床患者發生於上呼吸道感染後。

發病時在患者血清中可檢查到某種病毒的抗體滴度升高，即可認為是因為甲狀腺感染到某種病毒，如柯薩奇病毒、腮腺炎病毒、流感病毒、腺病毒，從而引起本病。本病也可能與非病毒感染有關，如Q熱或者瘧疾。

在該病活動期患者的血循環中，發現有各種抗甲狀腺抗體，所以本病的發病不除外自身免疫異常。另外遺傳因素也可能是本病的發病原因之一，如具有HLA-B35基因。