造血幹細胞移植的原理，即把受者的造血幹細胞清除，然後用供者的造血幹細胞替換受者的造血幹細胞。臨床上主要是三大器官產生排異，具體如下：

1、腸道排異：表現為腹瀉，而腹瀉的嚴重程度不同。如嚴重腹瀉時，可能排出腸黏膜，此時為嚴重排異；

2、皮膚排異：輕者表現為皮疹，重者可以表現為皮膚剝脫、皮膚嚴重炎症反應；

3、肝臟排異：主要造成膽管損傷導致黃疸形成。除黃疸外，還可以從化驗指標上反映出膽汁淤積。

由於造血系統和免疫系統共用同一個系統，因此供者的造血幹細胞植入到受者體內後，在受者體內重建造血功能的同時，也在重建免疫功能。由於機體主要依靠淋巴系統行使免疫功能，因此重建的免疫功能主要指淋巴細胞。造血細胞和免疫細胞來源於供者，而身體的其它器官是受者原來的器官，因而進入受者體內的免疫細胞，會與原來的器官發生衝突，其本質是供者的細胞排斥受者的細胞和組織。