結石引起腎萎縮，需進行規範性治療，建議就診於泌尿外科，進一步進行腎臟B超、腎臟CT、腎功能檢查，必要時需進行腎穿刺造瘻、引流等評估腎功能狀況。只有將結石處理，使梗阻的病因清除，腎臟功能才會逐步恢復，腎萎縮才會避免進一步加重。

處理結石的方式有多種，需根據是腎結石還是輸尿管結石採用不同治療方案。可以選擇輸尿管軟鏡鈥激光碎石經皮腎鏡手術等，只有將結石清除，腎臟積水才會緩解。同時應配合藥物進行治療，可使用改善腎臟灌注的藥物，進而改善腎臟功能。