馬爾堡病毒和埃博拉病毒十分相似，區別非常少見。目前來看，馬爾堡病毒和埃博拉病毒都屬於絲狀病毒科單骨復鏈的RNA病毒。所存在的地區也都是在非洲大陸，馬爾堡病毒首先被發現是在1967年，埃博拉病毒是在1976年，相差10多年的時間段。埃博拉病毒和馬爾堡病毒主要的區別，目前有以下兩點：

1、馬爾堡病毒和埃博拉病毒的免疫抗原性不同，也就是在這兩種病毒感染以後，對人體的免疫應答不同。目前來看機體對埃博拉病毒的應答十分強烈，對馬爾堡病毒的應答相對較弱；

2、病毒感染人體以後引起臨床症狀的潛伏期不同，埃博拉病毒潛伏期目前是2-21天，馬爾堡病毒潛伏期是4-16天。

臨床症狀對機體造成的損害和治療手段等，目前十分相似。所以不管是埃博拉病毒，還是馬爾堡病毒都需要高度注意，因為兩種病毒，對機體造成的損害引起臨床的症狀和體徵都十分劇烈，造成的死亡率也較高。因此，在馬爾堡病毒和埃博拉病毒的流行區，應該高度注意採取相應措施，避免感染。