小腸瘻治療比較複雜，可以分成局部治療和全身治療、手術治療和非手術治療。

在小腸瘻的治療初期，需要做到引流通暢，將腸液引出體外，維持患者水電解質及酸鹼平衡，需要給予合理、足量的營養支持，並且選擇廣譜足量的抗生素。待情況穩定以後，多數患者可以停用抗生素。

如果治療比較有效，小腸瘻可能在治療後4-6周或6-8周癒合。如果經過2-3個月非手術治療後小腸瘻沒有癒合，可以選擇手術治療，包括瘻口切除、帶蒂漿肌層皮瓣的修補等。