腸瘻本身是一種併發症，是手術、外傷、感染等腸子本身疾病引起的腸子破裂，造成腸內容物流到不該流的地方，跑到其它臟器裡或者通過腹壁跑到肚子外面。而且消化液有很大腐蝕性，會造成腹腔內感染、腹壁感染，造成感染性休克，造成患者死亡，也能造成患者大量營養丟失，患者衰竭。所以腸瘻本身是手術失敗表現，或者出現嚴重併發症、嚴重病情，在此基礎上再去做手術失敗可能性更大，而且意味著患者要花費更多錢，但是得不到更好治療效果。
腸瘻對臨床醫生來說是較嚴重的問題，所以在做腸瘻手術時，也要充分討論、準備才能去做手術，而且也不敢保證所有手術效果都好。每個腸瘻患者病情不一樣，每個腸瘻手術也可能不一樣，所以腸瘻手術較困難，很多基層醫院都不敢做，手術失敗率較高。所以如果有腸瘻手術建議到正規大醫院，有診治經驗中心就診，需要多學科協助。總之腸瘻手術併發症非常多、危害非常大，可以直接導致患者死亡。