腸梗阻時原則上不做結腸鏡檢查，有些情況下可能要做結腸鏡檢查，比如結腸癌導致的腸梗阻，可以先做清潔灌腸，將腸道清理乾淨後，再做結腸鏡。如果確實是腫瘤，能夠做手術就爭取早做手術，如果腫瘤已經不能做手術，可以在結腸鏡下放置支架，使腸道通暢。

通常有腸梗阻時腸道清理較困難，腸道大便清不乾淨，結腸鏡進去後會導致疾病的遺漏，而且在此過程中做結腸鏡，要往腸道里面打氣，患有腸梗阻，肚子可能較脹。因此不是腸梗阻的情況，不會進行結腸鏡的檢查，還應根據病情進行決定。