晚期甲狀腺癌難以治癒，甲狀腺癌在經過治療後，部分患者可能治療效果欠佳，尤其是持續複發性的甲狀腺癌。甲狀腺癌晚期如果已經出現肺轉移，或者骨轉移、廣泛轉移，治療效果欠佳。復發的甲狀腺癌雖然分期較晚，比如局部的轉移、侵犯，如果能通過手術處理，效果一般都較好。部分晚期甲狀腺癌行手術治療後，反覆復發，治療效果欠佳。

雖然晚期甲狀腺癌難以治癒，但是目前還有較多的治療方法，比如碘-131治療和逆轉碘-131抗性治療，也可以起到治療效果。目前又出現針對甲狀腺癌的靶向藥物，對於晚期甲狀腺癌也有一定的治療效果，比如針對PDGFR-α基因、VEGFR1基因、VGF基因藥物。目前晚期甲狀腺癌治療的目標可能需要改變，一是延長生存，二是保證生活質量儘量少受影響。