亞急性甲狀腺炎與甲狀腺癌均可能存在甲狀腺結節的表現，但亞急性甲狀腺炎會表現為TSH增高，並且甲功7項檢查會提示抗體增高，同時合併甲狀腺結節。此時應明確患者屬於亞急性甲狀腺炎還是甲狀腺癌合併亞急性甲狀腺炎，需進行細針穿刺以明確癌結節的良惡性。若結節細針穿刺顯示為良性，則屬於單純的亞急性甲狀腺炎。若細針穿刺顯示為惡性的乳頭狀癌，則屬於甲狀腺癌合併亞急性甲狀腺炎的表現。

所以兩者的鑑別需進行細針穿刺活檢，不能僅根據彩超以及甲功判斷性質。對於亞急性甲狀腺炎以及甲狀腺癌的臨床鑑別需引起注意，尤其存在亞急性甲狀腺炎合併甲狀腺結節時更需加以關注。