對於甲狀腺癌晚期的治療，可將甲狀腺全切同時進行頸部淋巴結的清掃。碘-131的內照射治療較為重要，因為多數甲狀腺全切的患者進行碘-131內照射治療效果較好，所以對於晚期甲狀腺癌的治療效果也較好。患者在進行碘-131內照射治療後，可以口服左甲狀腺素鈉片，即優甲樂或雷替斯進行TSH的抑制治療，即可達到治癒並且長期不復發的目的。

當存在遠處轉移的情況下屬於甲狀腺癌晚期，而甲狀腺癌遠處轉移常見於骨轉移以及肺轉移，若存在側葉淋巴結轉移則屬於局部晚期。因此，如果已經確診甲狀腺癌發生骨轉移或肺轉移，應對患者進行治療。