甲狀腺癌屬於惡性腫瘤，預後與病理類型以及疾病分期相關。目前大多數甲狀腺癌患者屬於早期，且80%-90%以上病理類型為乳頭狀癌，術後預後較好。髓樣癌或未分化癌，預後可能較差。大部分預後良好患者按時服藥、定期複查，完全可恢復正常的工作及生活，與常人無異，無需過於擔心，治療後可達到康復狀態。
惡性程度較高或發現較晚的患者，如腫瘤侵犯神經或氣管，不得不行手術切除，會不可避免地造成術後聲音嘶啞、氣管造瘻或甲狀旁腺功能減退、缺鈣等現象，對生活有一定影響。