大腸癌放療的副作用，其實與化療副作用有相同之處，放療特殊局部反應的副作用是最常見的為骨髓抑制，骨髓抑制血細胞的減少包括白細胞減少、中性粒細胞減少、血小板的減少等。

部分患者出現噁心、嘔吐的症狀，出現局部反應如皮膚放射性皮炎，還有可能出現放射性腸炎，放射性腸炎表現腹瀉、腹痛等症狀，盆腔放療可能出現生殖功能、性功能的影響。