肛管癌的患者必須根據病理類型、生長部位、侵犯範圍、癌細胞分化和惡性程度、有沒有淋巴結轉移等採取不同治療方法。其中手術是主要治療方法，還可以結合放療和化學治療方法進行聯合應用。影響肛管癌預後因素主要是腫瘤分期，尤其是腫瘤浸潤深度對五年生存率應該還是影響比較大，還有腫瘤分化程度和預後也有很大關係。如果分化好、沒有區域淋巴結轉移，五年生存率還是比較高，可以達到75%。
如果分化差又有區域淋巴結轉移，患者的五年生存率就比較低，只有24%左右。綜合治療要比單一治療預後要好，從國外研究發現，聯合放化療病人五年生存率可以提高到65%-80%，而單純手術治療在45%-70%之間，因此綜合治療複發率比單純手術治療複發率要低20%左右。此外，患者還要注意平時生活習慣改善，有規律生活降低患肛管直腸癌可能性和風險。