肝門部膽管癌在肝膽外科也是相對比較大的手術，肝門部膽管癌手術風險包括手術當中麻醉意外、手術中出血，以及心肺突然意外，手術後風險也有手術後膽瘻、出血、腸瘻等。因為要做肝門膽管癌，手術切除之後會做膽腸、腸腸吻合，這一系列吻合口都有可能發生瘻的風險，但有風險並不一定出現。

對於肝門部膽管癌患者還有一個更大的風險，如果加做半肝切除或者更大範圍肝臟切除，術後肝功能情況也很重要。如果切除範圍過大，或者肝功能過差，可能會出現急性或者慢性肝功能衰竭，也是手術的巨大風險。因此建議對於肝門部膽管癌手術而言，患者要到三甲醫院做，相對會更加安全。