如果女性附件上的囊腫小於五公分以下，通常不需要任何的處理治療，而是隨訪複查彩超即可，如果囊腫大於五公分以上，常常需要考慮行腹腔鏡手術切除。
　　女性附件上囊腫的性質不同，對人體的影響也會有很大差異，如果是在排卵期過後檢查彩超，發現附件上有小的囊腫，而且這時又沒有任何的不適表現，那常常考慮是生理性的黃體囊腫，所以這時不需要進行任何的處理治療，而是在月經乾淨後複查彩超即可，一般這時候查彩超，囊腫都已經自然消失。如果是由於體內雌孕激素刺激而引起的普通囊腫，只要囊腫沒有大於五公分以上，往往不會對身體有不良影響，所以也不需要進行手術。但如果卵巢囊腫大於五釐米以上，而且還引起進行性加重的痛經，甚至導致不孕，那常常考慮是由於卵巢巧克力囊腫引起，又稱之為子宮內膜異位症，一般就需要行腹腔鏡手術切除。
　　在手術切除囊腫後，為了避免再次復發，還應該考慮肌注GnRHa來繼續治療。