膽管細胞癌化療引起的不良反應包括血液學毒性和非血液學毒性，血液學毒性反應主要是指骨髓抑制和肝腎功能損傷等，可通過實驗室檢查指標發現異常，骨髓抑制包括白細胞下降、血小板減少、貧血等。非血液學毒性主要包括噁心、嘔吐等消化道反應，以及過敏反應、皮膚反應、脫髮、神經毒性、心臟毒性等。

不同化療藥物導致的不良反應不完全相同。膽管細胞腫瘤用到的化療藥物主要有吉西他濱、鉑類及氟尿嘧啶類，吉西他濱特徵性的反應有脫髮和皮膚反應，部分患者用藥後可能會出現皮疹和瘙癢症狀，需要抗過敏處理。順鉑引起消化道反應更為明顯，需要加強預防嘔吐的處理。氟尿嘧啶類藥物可引起手足綜合徵和色素沉著。