膽管癌患者起病隱匿，大多數患者在發現時都處於中晚期，加之解剖的侷限性，手術達到R0切除的機會較少，大多數患者術後需進行化療。但具體是否需要化療，取決於腫瘤分期和手術的徹底性。對於根治性手術切緣陰性、淋巴結沒有轉移的患者，可以選擇觀察或者化療。對於切緣陽性，即鏡下有腫瘤殘留，或者有淋巴結轉移的患者，應給予系統化療或者放化療。對於術中肉眼有腫瘤殘留的患者，治療原則和不可切除的膽管癌患者一致，化療或者聯合放療是主要的治療方式之一。

因為膽管癌的總體發病率較低，目前對於膽管癌術後輔助治療的高級別臨床研究資料不多，有部分研究表明，術後輔助化療能提高患者的生存率。根據晚期膽管癌治療的經驗，膽管癌本身對於單純化療、放療的敏感度不高，療效比較差。目前已有新的藥物研究用於膽管癌的治療，包括靶向藥物和免疫治療，初步研究顯示較單純化療有效率更高。