不同部位的膽管癌，手術風險不同。膽管癌分為肝內膽管細胞癌、肝外膽管細胞癌。肝內膽管細胞癌風險和肝癌手術風險一樣，但復發轉移是最大的問題，也會出現手術出血、感染等問題。肝外膽管分上、中、下三個部位，膽管上端最常見的是肝門部膽管癌，分型不同，手術方式也不同。如肝門部膽管癌靠近下膽管，手術風險小，切除肝門膽管即可，如果靠近分叉以上的位置，可能要合併切除右半肝或左半肝，風險相對較大。

若腫瘤靠近下端膽管，風險就會增加很多。因為除了面臨膽道手術本身的風險之外，還有胰、十二指腸切除的風險，如手術胰瘻、腸瘻、膽腸吻合口瘻等問題。因此，不同部位的膽管癌風險不能一概而論。