無論肝膽管癌、肝癌或者消化道腫瘤，包括胃癌、結腸癌，一旦明確診斷，手術是唯一能治癒或者能夠提高患者生存率的方法。因為膽管癌如果發現一般是中晚期，預後或者五年生存率比較低，但是手術時能夠切除者儘量手術，即使不能根治性手術也可以做姑息性切除。統計學研究，即使姑息性切除相比單純內外引流，可以明顯提高患者生存質量、生活質量或者生存期，所以手術是一般腫瘤包括膽管癌最好的治療方式。

膽囊癌手術分根治性或者姑息性手術，根治性手術包括腫瘤切除和肝臟切除。斷端叫R0切除，包括膽管切緣的遠端和近端無癌細胞的殘留，而且切除的肝臟組織或者清掃的淋巴結組織無癌細胞的轉移，叫根治性切除，患者預後相對比較好，五年生存率可以達40%以上。

部分姑息性切除包括R1或者R2切除，膽管切緣有腫瘤細胞，生存率相對較低。無論如何能夠手術者應儘量爭取手術，不管姑息性或者根治性切除，都應該先手術治療，可以提高生存期或者生活質量。