膽管癌是肝膽科疾病中惡性程度高的疾病，患者長期生存總體預後較差，膽管癌手術後5年生存率波動在30%左右。據相關文獻報道，對於肝門部膽管癌患者，行根治性手術後1年生存率大概達90%，3年生存率大概在40%。行姑息性手術患者的1年生存率大概為50%，3年生存率大概在10%左右。

膽管癌的生成受很多因素影響，比如膽管癌浸潤程度、生物學活性，有無淋巴結轉移以及患者狀況、手術切除徹底性、手術方式等因素有關。