通常肝臟囊腺瘤一旦發現即需治療，主要治療方法為根據腫瘤所在部位進行腫瘤切除。當腫瘤位於左邊肝臟時，通常將左邊肝臟連同正常部位切除掉。但當腫瘤位於右邊肝臟，位置較深或緊貼大血管時，將肝臟囊腺瘤進行局部切除。由於囊腺瘤為良性腫瘤，所以切除範圍緊貼腫瘤即可。

某些情況下囊腺瘤會變成惡性腫瘤。如定期隨訪時，發現腫瘤快速增大或破裂出血，這種情況需儘快手術，既可在腹腔鏡下進行，也可進行開放手術。