新生兒患腦膜炎如果治療不徹底，會遺留一系列的後遺症，常見的後遺症包括：

第一、會導致新生兒腦積水形成，發生腦膜炎以後會引起腦細胞的損傷以及腦脊液循環的障礙，尤其是腦脊液循環障礙最容易引起腦積水的發生，需要及時的去除腦積水，否則會引起新生兒顱內壓增高。

第二、還會引起新生兒智力低下，因為新生兒的腦膜炎會損傷大腦神經，大腦神經受損以後就會引起智力的明顯下降，還有可能出現偏癱等。

第三、還會導致新生兒出現癲癇等症狀，因為新生兒腦膜炎以後會引起大腦出現異常放電，會出現癲癇症狀的發作，而且容易復發。