肝包蟲病是指肝上有包蟲性佔位，如果佔位是由囊型包蟲病引起，或由細粒棘球蚴引起，就是侷限性的囊性佔位，有完整的包膜。佔位＞4cm時先選擇手術切除，切除後再輔以腸蟲清、吡喹酮等殺蟲藥物的長期治療，即可達到較好的治療效果。如果浸潤範圍較大，還可以選擇半肝切除或肝移植，來挽救包蟲引起的肝臟損傷，然後再輔以後期的藥物治療。

如果肝上的包蟲，是由於多房棘球絛蟲，或泡型包蟲病引起。這時由於是浸潤性生長，所以很難通過手術切除乾淨，通常採用藥物殺蟲的治療方案。但由於病灶範圍大，殺蟲效果不佳，所以需長期堅持進行殺蟲治療。目前就是手術與藥物治療相結合的方案，來治療肝包蟲病，同時也可以通過肝臟部分切除、半肝切除或肝臟移植等手術干預。