腔隙性腦梗塞多數患者可以治好，有些患者可以無任何臨床症狀和體徵，只是檢查顱腦CT或者顱腦核磁時出現腦內梗死灶。該患者一般情況下不需要進行特殊的治療，可以口服阿司匹林抗血小板聚集，同時控制患者的病因。

如果患者出現症狀和體徵時，大多數表現為局灶性症狀和體徵，可以出現純感覺性卒中，也可能會出現純運動性輕偏癱。該患者的治療主要是給予抗血小板聚集，以及神經保護和改善血液循環治療。神經保護治療的藥物，可以應用依達拉奉、胞二磷膽鹼、腦蛋白水解物，也可以應用奧拉西坦和吡拉西坦。抗血小板聚集的藥物一般應用阿司匹林。改善血液循環的藥物，臨床上常用的藥物有舒血寧、維腦路通、川芎嗪，也可以用疏血通。

腔隙性腦梗塞的患者大多數病因為高血壓、糖尿病，如果有高血壓時，可以口服左旋氨氯地平、苯磺酸氨氯地平或者厄貝沙坦降血壓治療。如果患者有糖尿病時，一般情況下首選二甲雙胍進行口服，對二甲雙胍效果欠佳時，也可以同時加用拜糖平或瑞格列奈。