基底節腔隙性腦梗塞的患者可以出現肢體感覺障礙，運動功能障礙；左側病變時也可能會出現言語功能障礙，包括失語和構音障礙。其治療主要包括抗血小板聚集，常用的藥物有阿司匹林和氯吡格雷；神經保護治療的藥物主要應用依達拉奉、胞磷膽鹼和腦蛋白水解物；改善血循環的藥物一般應用舒血寧、維腦路通、川芎嗪，也可以用疏血通以及丹參、紅花和三七等等。

如果患者病情穩定，應給予針灸治療和康復治療；如果患者有言語功能障礙，失語症時可以進行言語功能訓練；如果患者有高血壓可給予降血壓治療，一般應用左旋氨氯地平或苯磺酸氨氯地平；血糖升高時，可以口服二甲雙胍降糖治療，同時必要的情況下也可以應用胰島素降糖治療，還要同時要給予口服辛伐他汀、瑞舒伐他汀或阿託伐他汀調脂穩定斑塊。