丘腦位於腦深部，手術到達丘腦的路徑比較長，給手術帶來相當的困難。丘腦周圍有許多重要的結構、神經以及血管，到達丘腦需要避開重要的結構，使得手術到達丘腦存在一定的風險。而且丘腦本身就是一個重要的高級感覺中樞，手術對於丘腦以及丘腦周圍結構的影響都可能給病人造成癱瘓、感覺異常等重要的神經功能損傷。但是，包括膠質瘤、海綿狀血管瘤等多種病變可以發生在丘腦，需要手術治療。
　　丘腦膠質瘤也可以分為低級別和高級別兩大類，對於丘腦膠質瘤的手術方式目前有立體定性活檢和直接開放切除兩種方式。立體定向活檢損傷相對比較小，能夠獲取腫瘤組織明確病理診斷，從而指導後續的治療，但是由於腫瘤並未切除，如果這部分腫瘤對於後續的放化療不敏感，則治療效果比較差。開放切除丘腦腫瘤不但可以獲得更多的腫瘤組織明確診斷，而且腫瘤切除後為後續的放化療創造更好的條件，更有利於腫瘤的控制，但是開放切除丘腦腫瘤的手術風險較高，可能致殘甚至致死。
　　丘腦的膠質瘤手術風險較大，懷疑丘腦的膠質瘤需要根據腫瘤生長的範圍、大小、病人情況等制定合理的手術方案，在確診膠質瘤後根據膠質瘤病理類型和分子特徵再決定是否需要針對性的放化療，才能獲得最佳治療效果。