腦萎縮的發病原因比較複雜，目前缺乏有效的治療措施。藥物治療主要以改善患者症狀、延緩病情進展為主，並不能逆轉腦萎縮。主要是使用以下幾類藥物：

一、使用改善腦代謝的藥物，通常會應用奧拉西坦膠囊、胞磷膽鹼鈉片、腦蛋白水解物片、尼麥角林、尼莫地平等藥物，改善患者的腦微循環、促進腦代謝、改善患者的記憶力。

二、使用改善認知功能的藥物，因為腦萎縮後患者或多或少會出現記憶力減退、反應遲鈍、痴呆的表現。通過使用乙酰膽鹼酯酶抑制劑來提高患者大腦內乙酰膽鹼的濃度，改善患者的認知功能，常用的是鹽酸多奈哌齊、石杉鹼甲。