乳腺囊腫惡變的幾率非常低，目前沒有證據表明囊腫會引起癌症。單純性囊腫不會增加乳腺癌的風險，無需特殊處理，通常建議定期隨訪。

複雜性囊腫囊壁較厚或間隔壁厚，無實性成分，惡性率較低，在1%以下，建議密切隨訪，每6個月複查，同時進行影像學檢查，若發現異常，需及時穿刺或手術切除活檢來確定良惡性。

複合型囊腫囊壁或間隔壁＞0.5mm，囊性和實性成分共存的情況下，惡性風險低於1%-23%，建議積極地穿刺活檢或手術切除活檢，明確診斷，以免延誤病情。