多灶性腔隙性腦梗死多指白質部位穿通動脈的梗塞導致，主要見於腦小血管病。腦小血管病變為玻璃樣變，彈性減弱，通透性降低，血管內膜增厚、閉塞，導致穿通動脈的供血阻斷，表現為眾多單獨的腔隙灶。

由於血管閉塞後，腦細胞缺血壞死，壞死血管被吞噬細胞吞噬，從而局部形成空腔。腦積液進入，形成多發性腔隙性腦軟化灶，即多發性腔梗灶。