腦梗引起眼外肌麻痺主要還是針對腦梗的病因進行治療，進行康復鍛鍊。腦梗的病因學治療需要鑑別其是動脈粥樣硬化性引起，還是心源性栓塞因素。如果是動脈粥樣硬化所致，需要使用抗血小板類藥物和他汀類藥物，同時要積極控制導致動脈粥樣硬化的危險因素，比如高血壓、高血糖、高血脂，現在也有同型半胱氨酸的升高。如果是心源性栓塞而導致的類似症狀，需要針對性給予抗凝治療以及心臟症狀的控制。

當然，如果是其它病因引起腦梗，也要針對病因進行相應的治療。眼外肌麻痺會有視物成雙、眼皮下垂等症狀。在臨床上早期進行眼球活動十分有效，比如上下左右使勁睜眼、閉眼等規律的運動，同時早期進行康復可以取得很好的效果。