小腦幕腦膜瘤手術的風險與其它腫瘤存在共性風險，如麻醉風險、出血風險、術後感染風險等，同時因為其獨特的解剖位置，又有自身所具備的風險，如在切除小腦幕腦膜瘤的過程中可能損傷重要的大靜脈，即橫竇。小腦幕腦膜瘤一般與橫竇有粘連，甚至侵犯到橫竇的血管腔內，切除時要注意保護橫竇，因為橫竇是引流小腦靜脈的非常重要血管，橫竇受損傷後，小腦靜脈迴流障礙會造成小腦嚴重水腫、腫脹，腫脹嚴重時可以壓迫腦幹導致呼吸、心跳驟停。

部分巨大腫瘤可能壓迫第四腦室或者造成第四腦室粘連，術後造成腦積水即腦脊液循環不通暢，使顱壓增高，同時部分巨大小腦幕腦膜瘤會影響後組顱神經，術後可能會出現口眼歪斜、吞嚥困難、咳嗽不能等嚴重併發症。隨著設備發展，如尖端顯微鏡、射頻刀等，同時技術與解剖知識的不斷進步，可以大幅降低手術風險發生的概率。