顱咽管瘤和其它的顱內腫瘤非常不一樣，是良性腫瘤，但是帶有惡性腫瘤的生物學特性，非常容易復發。此外，起源位置非常重要，位於垂體柄、下丘腦位置，本身是很嬌嫩、重要的部位，為了把腫瘤徹底切除，有可能對正常的垂體柄、下丘腦造成手術損傷。雖然是暫時性的損傷，但是會增加病人的術後恢復時間，所以顱咽管瘤比其它腫瘤的術後恢復期要長。如果手術比較保守，腫瘤會不斷復發，從很小的手術可以做到成年人，病人付出的代價太慘痛，所以在病人最好的時機，第一次手術時，哪怕是暫時地犧牲正常腦組織的功能，也要儘可能把腫瘤徹底切除，所以手術風險比其它手術大，手術的副損傷、術後的併發症肯定比其它腫瘤大，病人整體恢復的時間比其它腫瘤也要長，基本上術後需要住院3周到一個月左右，出院時仍未徹底恢復，只是能夠暫時回家進一步休養，3個月後要來醫院複查。複查時，多數病人的情況基本上已經不錯了，但是仍未完全正常回歸到工作、學習狀態，能夠完全負擔學習、工作基本上需要半年時間。此後，還要對病人進行進一步的複查，隨診複查的時間非常長，10年之內每年或者每2年進行核磁監測，非常必要。