顱咽管瘤因為位置居中，手術時周圍的解剖比較複雜，並且臨近三腦室、下丘腦，可能出現一系列併發症。首先是出現尿崩，可能每小時尿量＞300ml，平時飲水量大幅度增加，患者經常感覺口渴；其次可以導致電解質紊亂，由於尿崩會引起低鈉血癥，同時也可以引起高鈉血癥，需要經常定時複查患者血鈉水平。另外也可以引起內分泌功能紊亂，導致激素水平低下，特別是甲狀腺激素水平低下，患者表現出抑鬱狀態，無慾無求，無精打采，或四肢無力。