脊髓空洞症可以很好的進行治療，脊髓空洞症本身並不是一種獨立的疾病，可以見於很多種情況。例如小腦扁桃體下疝畸形，可以引起頸髓和胸髓的脊髓空洞症；脊髓髓內的室管膜瘤，可以引起頭端和尾端的脊髓空洞症；脊髓栓系可以引起脊髓圓錐的脊髓空洞症；其他如脊髓外傷、脊髓梗死等情況，都可以引起脊髓空洞症。

大部分脊髓空洞症患者，可以通過神經外科手術進行治療，例如通過小腦扁桃體下疝切除，脊髓髓內的室管膜瘤、血管母細胞瘤的切除，脊髓栓系的鬆解手術，都能夠使病變所伴發的脊髓空洞症得到很好的治療。還有部分脊髓空洞症患者，脊髓空洞非常廣泛，難以針對病因進行有效的處理。例如粘連性的脊髓蛛網膜炎引起的脊髓空洞症，由於空洞範圍非常廣泛，很難通過手術的方式加以處理，則可以進行脊髓空洞的分流手術，可以使脊髓空洞症得到優秀的治療。

由於外傷或者脊髓梗死所造成的脊髓小空洞，一般不會造成非常嚴重的神經功能障礙，在治療上也並沒有非常特效的治療方法，臨床上以隨訪觀察和口服營養神經的藥物為主要治療方式。