小腦扁桃體下疝術後部分病人在五年後複查發現部分空洞會重新出現，但五年複發率較低，手術本身是減輕寰枕區對腦幹壓迫，寰枕畸形是很複雜的疾病，手術只是對局部微環境進行處理，其它畸形可能得不到充分治療。術後病情可能還在繼續發展、繼續加重，一旦患者出現復發，應及時到醫院治療。隨著現在先進設備的應用，顯微技術的提高，所以手術效果會越來越好。

一部分合並其它畸形的病人可以在手術之前做核磁共振，進行充分評估，如寰枕畸形合併脊柱裂或骶管先天囊腫時，可造成寰枕區繼續空洞發生、發展。所以醫生會根據病因進行治療，從全面評估後進行處理。

小腦扁桃體下疝是先天畸形，青壯年發病較多。早期患者會出現頸背部不適、肢體麻木無力症狀。如果能早期診斷、早期治療，患者預後不錯。經過手術治療，即經過寰枕減壓術、扁桃體切除術或者空洞分流術，大部分病人臨床症狀能得到明顯減輕或者緩解。手術以後並不代表治療完全結束，患者還需要定期複查，在手術以後三個月、半年，以及術後1-5年要複查。