單純先天隱性脊柱裂不需要特殊治療。其會有腰背肌疲勞，這些症狀可以通過鍛鍊、休息來得到緩解或改善。如果先天性脊柱裂合併脊髓栓系，產生症狀如馬蹄內翻足或大小便功能障礙或肌肉萎縮，這些都需要手術治療，通過解決脊髓栓系來達到治療效果。脊髓栓系可能合併先天性脊柱裂或不合並先天性脊柱裂，可能會有外在表現，如局部腰骶毛髮增生、小凹形成或有返祖現象，這些情況提示椎管裡可能會有隱性脊柱裂或先天脊柱脊髓發育異常。在病人比較小時，尤其出生以後要注意這些情況，從而能夠得到很好的臨床治療。

脊髓栓系通常分為單純性脊髓栓系或合併脊膜膨出和脂肪瘤，治療方式也不同。單純性脊髓栓系通常終絲受到牽拉或粘連，手術會比較簡單，可能會用微創的很小切口，如2-3cm的小切口把終絲進行辨認切斷，可以達到很好的臨床治癒。但如果合併脂肪瘤、先天腫瘤或有脊膜膨出，通常會切除終絲脂肪瘤或把脊膜膨出進行還納，進行神經根鬆解，不僅要切除終絲，還要進行神經根粘連鬆解，達到很好的脊髓栓系鬆解。