一般慢性膀胱炎治療的療程為兩週左右，需要依據尿培養和藥物敏感試驗的結果選擇有效的抗菌素，進行針對性的治療，絕大多數患者都可以改善症狀或者達到治癒的目的，同時需要配合一些理療或者配合中藥進行活血化瘀等治療，綜合進行處理，部分患者可能需要配合抗焦慮的藥物等進行治療，改善患者的症狀。

對於絕經期的女性，必要時需要給予雌激素替代治療，改善慢性膀胱炎的症狀，應用有效的雌激素進行替代治療可以使尿路黏膜的抵抗能力進一步加強，使感染進一步痊癒，同時在治療期間需要適當多飲水，保持一定量的休息，避免劇烈活動，避免不潔的性接觸，都能有效的預防慢性膀胱炎再次發作。治療期間需要定期到醫院進行檢查，動態觀察症狀改善的情況，必要時調整藥物治療。