絕大部分人脊髓栓系綜合徵影響主要是下半身問題，首先影響最多是大小便問題，尤其是小便。很多脊髓栓系病人對於小便控制能力比較差，經常漏尿、尿頻、尿急等，讀書時候小便不知不覺解出來或者經常要上廁所。有人會表現為大便汙褲，即自己不知道褲子上有大便。有人會表現為便秘情況，即大便拉不出來或者大便比較乾燥等。

還有下肢功能影響，有人會有馬蹄內翻足或者下肢活動有一定障礙，比如腳跟有時候不著地。也有病人會有腰痠背痛影響，因為脊髓牽拉之後對於神經根刺激導致腰痠背痛。部分患兒可能經過手術治療，可能還會存在大小便障礙、下肢功能障礙等後遺症。