脊髓栓系綜合徵一部分原因是單純的脊髓栓系綜合徵，即終絲低位和脊髓低位，其中還合併一些先天脂肪瘤，包括脂肪粘連情況。另一種情況是合併腫瘤，對於單純脊髓栓系患者，在顯微鏡下電生理監測下找到終絲，把終絲切斷以後病人手術以後效果好，手術以後不會復發。但合併脊髓脂肪瘤時，因為脂肪瘤的神經包括血管和脊髓圓錐部分融為一體，顯微鏡下分離不開，手術切除不徹底，手術以後容易復發。

還有一種情況，當脊髓栓系合併先天性腫瘤，包括膽脂瘤和畸胎瘤，因為膽脂瘤、畸胎瘤外膜實際上即神經結構的一部分，有一些在神經電生理監測下有其生理功能，手術完全切除以後患者會出現大小便障礙加重。

為保全功能，將手術中的腫瘤內容物完全徹底切淨，手術以後囊壁存在，可能會導致復發。囊壁分泌內容物會形成佔位或腫瘤，腫瘤復發對神經造成壓迫，患者在手術後一定時間會出現新症狀，這種情況下還可選擇二次手術。

脊髓栓系綜合徵是因胚胎髮育異常，造成脊髓圓錐包括馬尾神經和骶管一些結締組織增生、粘連所致。