尿道結石手術一般都採用微創手術治療的方法，在尿道鏡或者膀胱鏡下使用鈥激光將結石擊碎後再排除體外。如果是前尿道的結石還可使用取石鉗來直接進行取石，在尿道充分麻醉的狀態下注射入石蠟油等潤滑劑，使用取石鉗到達結石所在的部位將結石直接取出體外，但對於結石體積較大尿道口狹窄的患者需要做尿道口的切開處理，更容易取出結石。

後尿道結石一般將結石推入膀胱，在膀胱之內將結石擊碎，擊碎的粉末在膀胱鏡下取出。但是如果後尿道的結石梗阻比較緊無法推入膀胱，可以直接在尿道鏡下進行鈥激光碎石處理，將結石擊碎以後結石松動再推入膀胱進行粉末化的處理。手術完畢以後留置導尿管大約3-5天，複查結石已經排出或者均為粉末化的狀態，可以拔出尿管自行排尿即可。