顱內血腫切除術後併發症取決於多方面因素，包括原發病形式、出血量大小、出血部位以及是否伴有全身其它嚴重情況等。如果患者瞳孔散大、腦疝形成、預後不良合併全身其它臟器功能障礙，例如凝血功能障礙或長期口服雙抗藥物阿司匹林和氯吡格雷、肝素類藥物，術後再出血機會增大。

慢性腎功能衰竭患者術後出現腎衰機會較大。糖尿病時間長、血糖控制差患者術後感染可能性較大。長期吸菸，昏迷時間較長患者術後容易出現肺部感染等。

腦內血腫術後常見併發症有腦功能障礙、長期昏迷、癲癇發作、腦感染、腦感染、頭皮感染、化膿性骨髓炎、硬膜下積膿、硬膜外膿腫、腦室炎、腦室內的感染以及腦膿腫、腦脊液漏引起顱骨缺損等。