顱內血腫清除術後或多或少會遺留後遺症，常見頭痛、頭暈、噁心等症狀。硬膜外血腫患者，後遺症相對較輕，因為發生在硬膜外，出血量相對比較少，而硬膜下和腦內血腫的後遺症相對較重。

另外，後遺症大小決定於出血部位、出血量、患者自身條件。偏癱、失語、癲癇發作、精神障礙、腦積水，都是局灶性神經功能損傷遺留的後遺症，嚴重者六個月以上昏迷不醒，即植物人狀態。