短頭畸形最常見的原因是冠狀縫和人字縫的早閉。短頭畸形是顱骨在左右方向上擴大，而在前後方向上不能擴大。根據顱骨發育的規律，臨床認為一般都是前後的顱縫早閉，導致矢狀縫的過度代償性擴張，導致前後徑縮短。

短頭畸形和短頭異常要進行鑑別，短頭最常見於早產兒，由於大腦發育不成熟，如早產兒躺在床上時，頭顱的發育不能支撐起整個頭部的重量，導致顱骨前後徑縮短，從而形成短頭異常。但是短頭異常並不是疾病，可以在生長發育的過程中逐漸變長、變圓、變大。如果出生後6個月左右，家長對短頭的狀態不滿意，也可以去相應的機構購買針對寶寶扁頭狀態的頭盔進行治療，這種治療是可選擇的，並不是必須的。