尿道下裂手術可能出現併發症，常見的手術後遺症：

第一、尿道皮膚瘻，即尿道手術後出現局部漏尿，有時可發現在冠狀溝附近，但大多位於陰莖根部修補處漏尿。

第二、尿道口狹窄，成形的尿道外口可因瘢痕或缺血，造成攣縮形成狹窄及排尿時費力，尿線較細且排尿時困難等症狀。

第三、尿道憩室，常常繼發於遠端尿道梗阻，這時新形成的尿道口內壓力增高，周圍尿道缺少組織支持而內陷，形成尿道憩室，尿道憩室常併發感染。

第四、術後尿頻、尿急、尿痛且排尿費力，嚴重時可出現尿道口膿性分泌物或尿液滴瀝不止。

第五、陰莖下彎復發，即手術後出現瘢痕攣縮等情況，仍出現陰莖下彎畸形，影響排尿、影響勃起功能，必要時需要再次手術治療。