兒童得了尿道炎要選擇一些敏感的抗生素進行治療，常用治療兒童尿道炎的抗生素包括阿莫西林或者頭孢菌素類的藥物等，對兒童都是相對比較安全的。如果考慮可能有衣原體、支原體或者其他病原體感染導致的尿道炎，還要選用類似阿奇黴素等藥物來進行治療，必要時先進行尿常規和尿培養的檢查，明確感染的病原體類型，進行藥敏試驗選擇敏感的抗生素治療。

要注意兒童尿道炎的治療一定不能選用左氧氟沙星、諾氟沙星等喹諾酮類的抗生素，因為喹諾酮類抗生素有可能會影響到兒童的生長發育，所以對於兒童尿路感染、喹諾酮類抗生素時絕對禁忌的。臨床要鼓勵兒童多飲水、多排尿，這將有助於年齡感染的恢復。