兒童如果患有尿道炎可以就診泌尿外科、腎臟內科或普通內科來進行治療。14歲以下的兒童患有尿道炎，最好去專門的兒童醫院，就診相應的科室來進行治療，如果發病比較急，也可以就診急診內科來進行治療。

兒童在炎症治療上的藥物選擇和成年人略有不同，例如成年人尿道炎可以首選左氧氟沙星等喹諾酮類的抗生素來進行抗感染治療，但是18歲以下的兒童、青少年則儘量不要使用喹諾酮類的抗生素進行抗感染治療，以免引起不良反應，影響生長發育。所以兒童尿道炎的藥物選擇與成年人有比較大的區別，對於兒童來說，比較安全的抗生素可能有青黴素類的阿莫西林或頭孢菌素類的藥物，相對會比較安全。