女性的黴菌性尿道炎可以局部使用兩性黴素B等抗真菌的藥物進行治療，如果症狀較重還可以口服伏立康唑等全身性的抗真菌藥物進行治療。另外，還可以通過服用碳酸氫鈉片等鹼性藥物來鹼化尿液，幫助抗黴菌的治療。

女性的黴菌性尿道炎，還要同時注意是否合併有黴菌性陰道炎的情況，如果有要及時進行治療，避免反覆交叉感染。如果有性伴侶，雙方都要同時進行抗真菌治療。如果要預防女性的黴菌性尿道炎，一定要注意多飲水、多排尿並且注意個人衛生，要及時去治療婦科的感染，以避免長期、反覆的感染導致感染的慢性化或者耐藥情況的發生。