慢性尿道炎使用抗感染藥物，一般療程比急性尿道炎更長，可能用藥時間會達到4-6周以上，而且慢性尿道炎也不建議使用廣譜抗生素進行長療程的治療，而是要進行尿液的細菌培養和藥敏試驗，根據藥敏試驗的結果來選擇敏感的抗生素進行針對性的治療，才能夠防止出現細菌耐藥性，甚至導致出現二重感染的情況。

慢性尿道炎大多是由急性尿道炎治療不及時或治療不規範、遷延不愈而形成，此外還要注意是否合併其他的泌尿生殖系統感染或尿路結石、尿路畸形以及婦科感染等導致的慢性尿道炎症遷延不愈的情況，還要同時進行合併疾病的治療。